本发明公开一种基于MBBR工艺的脱氮除磷处理方法，属于污水处理领域，其包括预缺氧区、厌氧区、第一缺氧区、第二缺氧区、MBBR好氧区、低溶解氧区和后置缺氧内回流区；厌氧区与第一缺氧区通过之间隔墙中间的上部长方形过水孔洞相通；第一缺氧区与第二缺氧区通过之间隔墙一侧端的下部长方形过水孔洞相通；第二缺氧区与MBBR好氧区通过之间隔墙外侧端的上部长方形过水孔洞相通；MBBR好氧区与低溶解氧好氧区通过之间隔墙一端侧的上部淹没在泥水里的几组平行并列的圆形水孔洞相通。本发明克服了现有传统的技术在深度脱氮方面效果不足的缺陷，可应用于污水脱氮处理设施的建设。