本发明公开了一种基于气候因子的流域丰枯预测方法及系统，其中，方法包括：建立多个气候因子数据与流域水汽通量遥相关模型和流域气温遥相关模型；建立流域水汽通量、气温与流域蒸发、降水相关模型；结合流域水汽通量遥相关模型和流域气温遥相关模型，预测得到流域水汽通量和流域气温；根据流域水汽通量和流域气温，并结合流域蒸发、降水相关模型，并根据流域蒸发和降水，并结合流域地貌与下垫面信息，预测得到流域丰枯状况。该方法可以有效提高时间预测的精确度，有效提高径流量预测的精确度，进而可以提高预测流域中长期丰枯状况的精度，实现更合理有效的水资源规划利用。