本发明提供一种分层接入式特高压直流系统的差动保护方法和装置，保护方法，包括如下步骤：判断差动保护是否启动；如果差动保护启动，则判断三相差流中二次谐波的综合含量是否过低；如果三相差流中二次谐波的综合含量过低，则对三相差流进行微分处理；判断微分处理后各相差流是否饱和，如果其中某相差流不饱和，则开放该相的差动保护；所述三相差流中二次谐波的综合含量过低，是指三相差流中最大相的二次谐波电流与基波电流之间的比值小于第一设定值。由于本发明所提供的技术方案充分考虑到了二次谐波对电流的影响，所以差动保护不会由于二次谐波含量过大而失灵。