本发明涉及一种高含盐废水的零排放处理方法及系统，包括废水的预处理工艺、减量化工艺和高含盐浓水的蒸发结晶工艺，废水的减量化工艺是通过中压高压反渗透装置对经预处理的废水进行初步减量化处理后形成高压反渗透浓水，再经一级和二级电驱动离子膜装置进行深度浓缩处理后浓缩成高含盐浓水，废水的减量化工艺还回收减量化过程中的产水至回用水箱；一级和二级电驱动离子膜装置包括间隔设置的一阳极和一阴极，其之间有规律地排列着由阳膜、阴膜和隔板组合的多个膜对，阳膜和阴膜为均相膜，两膜间为流态均匀的隔板，并且一级和二级电驱动离子膜装置的电源采用正负极性自动切换高频直流电源，并利用数字程序控制电源。