本发明涉及一种利用农作物秸秆制备乙醇的方法，将选自农田、大棚的非木质纤维农作物秸秆作为原料；将亚硫酸铵加入秸秆原料中进行预处理得浆料；酶解浆料得到酶解产物；发酵酶解产物得到乙醇和发酵残渣。在酶解浆料前，还可以对浆料进行洗涤，洗涤后分离出黑液和非木纤维，对非木纤维进行酶解，发酵酶解产物得到乙醇和发酵残渣；将黑液和发酵残渣进行改性得到含有黄腐酸的有机肥原料返用于农田、大棚中促进非木质纤维农作物秸秆的生成。本发明提供的方法有效地提高了秸秆生产乙醇的效率，并且将生产过程中的废料回收利用制成肥料，在保护环境的同时增加了经济效益。