本发明公开了一种适用于单母线分段接线的差动保护连接系统及其跳闸逻辑方法，母线为单母线分段接线方式连接，断路器设置在与母线相连接的进线支线、出线支线、分段支线上，两段母线分段通过分段支线相连、每段分段支线上均串联断路器和电流互感器；基于微处理器的母线差动保护装置通过电流采样电缆分别与各电流互感器连接，最终形成3个差动保护区域，分别为：1个母线分段I段各进线和出线支路形成的差动保护区域、1个母线分段II段各进线和出线支路形成的差动保护区域、1个分段支路差动保护区域。适用于各电压等级母线，结构简单，经济实用；基于微处理器的母线差动保护装置可以实现保护配置安全可靠、配置方式无死区、故障区域不扩大。可广泛用于电站、变电站等单母线分段接线形式的电力工程。