本发明涉及一种水包水型微球调剖剂及其制备方法。所述方法包括：将丙烯酰胺、电荷调节剂、丙烯酸、阳离子单体、稳定剂、互溶剂、疏水单体、螯合剂和水混合均匀，得到混合液，然后用氢氧化钠将混合液的pH调节为6.0～6.5，得到第一混合液；向第一混合液加入无机盐A和结构调节剂并混合均匀，得到第二混合液；将第二混合液通氮除氧，加入引发剂引发聚合反应，在所述聚合反应的过程中加入无机盐B后继续进行所述聚合反应，得到反应产物；将反应产物熟化，加入无机盐C后搅拌，制得水包水型微球调剖剂。本发明制备的产品具有成本低、有效含量高、表观粘度低、分散速度快、微球粒径可控，粘弹性好以及具有一定的变形能力等优点。