本发明公开了一种抗草甘膦EPSP合成酶MC1‑EPSPS及其编码基因与应用。本发明人工改造合成的抗草甘膦基因MC1‑EPSPS序列,与原始EPSPS基因序列相比，大大增强了其在植物中的表达。本发明的抗草甘膦基因MC1‑EPSPS可在植物细胞中高效稳定的表达。将抗草甘膦基因MC1‑EPSPS导入烟草和玉米后，都可以得到稳定遗传的MC1‑EPSPS转化体，提高植物的草甘膦抗性。此外，该基因也可以转化大豆、棉花、水稻、蔬菜等农作物，使其具备相应的抗草甘膦活性，从而适用与少耕与免耕体系，加强了水分保持，大大减少了土壤流失，具有重要的经济价值和广阔的应用前景。