本发明提供了一种适用于波纹夹芯结构的动力学等效建模方法，其采用了子系统划分与刚度解析求解整合的途径，将复杂的波纹夹芯结构降维至二维进行有限元建模。该方法包括：将波纹夹芯结构划分为空心波纹板与填充层两个子系统；提取空心波纹板子系统结构胞元，确定变形转换矩阵，获取空心波纹板子系统的刚度矩阵；确定填充层子系统的刚度矩阵；进行波纹夹芯结构刚度整合，获取等效二维模型结构参数，建立有限元等效模型。本发明能够大幅简化建模流程，降低网格复杂度，节省计算资源，同时具有较高的求解精度，所得模型可用于波纹夹芯结构的结构动力学分析，变参研究，材料优选与尺寸优化。