本发明公开了一种辐射检查系统和应用该辐射检查系统的辐射检查方法。该辐射检查系统具有标准检查模式和快速检查模式，包括固定检查设备，包括垂直视角检查装置，垂直视角检查装置在标准检查模式输出第一辐射扫描射线，在快速检查模式输出第二辐射扫描射线；和移动检查设备，相对于固定检查设备可移动，包括水平视角检查装置，水平视角检查装置在标准检查模式随移动检查设备沿被检车辆的长度方向移动并输出第三辐射扫描射线，在快速检查模式固定并输出第四辐射扫描射线；其中第三辐射扫描射线的输出能量和/或剂量高于第四辐射扫描射线。本发明可以兼顾对不同车辆进行辐射检查的穿透能力以及车辆的通过率要求。