本发明提供一种PCB废水铜回收后含盐有机废水的处理方法，包括如下步骤：S1.引入待处理废水，调节废水的PH至3～4；S2.对经过步骤S1处理后的废水投加Fe2+试剂和双氧水后进入过流式紫外芬顿反应器，利用低压高强紫外辐射，进行紫外光助芬顿反应，氧化废水中的有机物；S3.对经过步骤S2处理后的废水进行电凝聚处理，进一步氧化废水中的有机污染物和氨氮；S4.对经过步骤S3处理后的废水投加Fe3+试剂，使废水絮凝沉淀，进一步深度处理废水中的铜、镍和总磷，以使最终出水达到地表水四类排放标准。本发明还提供一种实施所述PCB废水铜回收后含盐有机废水的处理方法的系统。本发明具有安全环保、降解彻底、能耗低和无二次污染等优点。