本发明公开了一种深冷结晶蒸馏萃取提纯生育酚的方法及系统，包括，向甲酯化的大豆油脱臭馏出物中加入一定量的丙酮甲醇混合溶液，在40～45℃下水浴加热，搅拌，在‑8～‑5℃下保持8～10h，离心，取上层轻相，真空回收丙酮甲醇，得浓缩物料；将浓缩物料在100～200rpm搅拌速度下升温蒸馏至无明显挥发物，冷却，向其中加入底物质量1～1.5倍的乙醇萃取，取上层，真空回收乙醇，得生育酚。我方提供深冷结晶蒸馏萃取提纯生育酚的方法及系统，经过提纯后生育酚含量为57.2％，生育酚总收率为91.2％。