本发明公开了种子特异性双向启动子及其应用。本发明将种子特异性顺式作用元件插入到玉米来源的胚特异性双向启动子将其改造获得能够驱动报告基因在玉米种子胚和胚乳中同时进行表达的种子特异性双向启动子，其核苷酸序列分别为SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2所示。本发明还公开了含有所述种子特异性双向启动子的重组植物表达载体以及重组宿主细胞。本发明所提供的种子特异性双向启动子能够应用于提高作物种子品质或产量、提高作物种子对病虫害抗性以及改良作物性状、构建转基因作物或培育植物新品种等方面。