本发明涉及船用反应堆及其二次侧非能动余热排出系统，系统包括：直流蒸汽发生器上设有第一入口和第一出口；补水箱储存有冷却剂，补水箱上设有第二出口和第二入口，第二出口位于补水箱的液面以下，补水箱的液面高度高于第一入口；冷却水箱存储有冷却剂；冷凝装置包括冷凝箱、以及设置在冷凝箱的冷凝通道，冷凝通道与冷却水箱连通。冷凝箱包括第三入口和第三出口，第三出口与第二入口连通。输入管连接在第一入口和第二出口之间；输出管连接在第一出口和第三入口之间；补水箱的冷却剂由第二出口、第一入口流入直流蒸汽发生器，在直流蒸汽发生器吸热形成的蒸汽由第一出口流出到冷凝箱，冷凝后由第三出口进入补水箱，保证事故工况下余热的长期排出。