本发明公开了一种顾及系统间偏差的GPS/BDS双系统单钟差定位方法，首先，在卫星数足够时利用传统算法对GPS与BDS分别估计一个接收机钟差参数，然后，利用接收机钟差参数计算GPS/BDS系统间偏差信息，当卫星数过少时，将已获得的系统间偏差信息作为已知量，从而只估计一个钟差参数。本发明充分利用系统间偏差的时域稳定性，减少待估参数，提高数学模型强度，可以有效间减少现有导航设备在遮挡环境下因过度参数化而导致的定位结果不可靠的现象，并且能够减少计算量，减少功耗，提高定位精度与可靠性。