本发明涉及一种孤岛换流站及其交流故障穿越方法，在系统交流侧发生故障时，切除电压外环；根据交流电压幅值和交流电压低限值，计算得到电流内环的正序分量控制环的正序无功电流指令值和正序有功电流指令值，进行电流内环控制。本发明能够提高故障穿越能力，为系统安全稳定提供良好的运行环境。而且，在进行故障恢复时，使电压外环的指令值逐渐上升至额定电压并保持为额定电压，保证了交流电压平稳上升，防止超调过大的情况出现，保证了系统的稳定性和安全性，有效避免了风机脱网。