本发明公开了一种海上风电超大直径植入式嵌岩单桩施工方法及系统，该方法包括浮吊船拖航至施工现场并抛锚定位；所述浮吊船用于吊装各待吊装部件；采用大型运输船运输所述各待吊装部件到所述施工现场；所述各待吊装部件包括稳桩平台、中心护筒、钻机；所述稳桩平台包括固定相连的稳桩平台基架以及固定桩。本申请提供的方法，适用于Ⅲ型单桩结构的施工，并适用于裸岩机位或几乎无覆盖层的机位，可确保海上钻孔的施工工艺及灌浆的可靠性。同时通过混凝土浇筑不需要在单桩上开孔也不需要布置灌浆管，避免了开孔导致的应力集中问题。同时施工方便易行，可以有效提供工作效率。