本发明涉及一种具有相位抑制功能的星载天线自动跟踪控制系统及方法，在X、Y轴控制器基础上引入了耦合控制器，以位置矢量与速度矢量的夹角为控制对象，对X、Y轴控制器输出的跟踪角速度进行坐标旋转补偿，达到了抑制和差信号相对相位残差对跟踪影响的目的。该方法极大地抑制了和差信号相对相位残差对跟踪的影响，改善了自动跟踪系统的跟踪性能，提高了自动跟踪技术对使用环境的适应性。对高动态，大惯性跟踪系统的改善效果尤为显著，使用过程简便，具有较好的跟踪性能，能够满足对地、星间等多种目标的跟踪使用要求，具有广阔的应用前景。