本发明提供了一种新型多价肺炎球菌结合疫苗的制剂组合及其制备方法，以及该制剂组合在制备用于预防或治疗肺炎球菌所致疾病的药物中的应用。本发明还保护一种多价肺炎球菌结合疫苗的制剂组合中的结合物分子量控制方法。本发明所述的肺炎球菌结合疫苗解决了多价肺炎球菌结合疫苗中的血清抑制现象，有效提高其在制剂组合中的免疫原性。通过本发明所述的多价肺炎球菌结合疫苗的制剂组合的制备方法可以有效控制结合物的分子量，更易于除去未参与结合的游离蛋白和游离多糖。