本发明公开了一个用于新的软米蜡质基因wx-C39的功能标记及其应用，属于农业生物工程领域。该分子标记引物为，WxC39-F:CGTCCCAGCTCGCCACCT，WxC39-R:CCACGCTGCACCGACCG，若扩增产物为173bp，表明携带wx-C39纯合基因型，其直链淀粉含量5％左右，若扩增出184bp，表明携带Waxy的纯合基因型，其直链淀粉含量在15％左右，若同时扩增出两条带，表明为杂合基因型，其直链淀粉含量在15％左右。本发明公开的标记和方法可以用于杂交后代的基因型检测，有利于加快软米性状的育种进程。该方法准确性高、操作简单、检测效率高、成本低廉，具有很强的实用价值。