本发明涉及一种天然气水合物开发深水海床钻井系统，其特征在于：包括卷轴基盘、用于卷绕连续钻管的卷轴装置、连续钻管导向器、连续钻管矫直器和连续钻管送入器；所述卷轴装置布置在所述卷轴基盘上；所述连续钻管导向器、连续钻管矫直器、连续钻管送入器由上到下依次连接，形成水下注入头。基于本发明所提出的海床钻井系统实施钻井，不必采用日费很高的深水钻井平台，只用具有一定起吊能力，一定动力的常规船舶(船舶要能够提供动力电缆、液压缆和高压泥浆到水下)就可完成钻完井作业。本发明能够大幅度降低水合物井的钻完井成本。