本发明公开了一种青刺果仁总黄酮提取物的制备方法，包括下列步骤：脱脂步骤：通过脱脂剂去除干燥粉碎后的青刺果仁中的油脂，并在所述脱脂剂蒸发后，得到青刺果仁材料；回流提取步骤：将青刺果仁材料，用体积浓度为40～95vol.％的乙醇水溶液或体积浓度为40～95vol.％的甲醇水溶液进行回流提取，得到提取液，将所述提取液蒸干，得到粗提物；分离纯化步骤：通过大孔树脂柱对所述粗提物进行分离纯化，富集得到含有总黄酮的提取物。其技术效果是：可以使提取物中总黄酮的含量达到30wt.％以上，并在制备过程中显著缩短分离纯化步骤的时间。