本发明属于用于诊断目的的测量技术领域，公开了一种基于三支决策的荧光目标重建结果后处理方法，根据全域重建结果，利用三支决策理论将其划分为三部分：目标区域、边界区域及背景区域；将目标区域与边界区域合并构成目标可行区，在区域上重新进行重建；对可行域上的重建结果进行后处理，划分出目标区域、边界区域和背景区域，目标区域为最终结果。本发明根据三支决策理论获得了一种目标可行区提取方法，有效降低了重建问题病态性，提高了解得稳定性和重建结果。最终重建结果显示，位置误差为1.03mm，显著提升了重建的准确性。根据三支决策理论对重建结果进行后处理，明确获得了目标区域、边界区域和背景区域，提供了巨大的方便。