本发明提供了一种酸性脂肪酶基因LipC及其编码的酸性脂肪酶的制备方法，属于基因工程技术领域。所述酸性脂肪酶基因LipC的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，利用包括酸性脂肪酶基因LipC的重组表达菌株制备酸性脂肪酶的方法，包括以下步骤：1)活化培养重组菌株C‑OB5获得种子液；2)将所述种子液接种于自动诱导发酵培养基中依次进行高溶氧发酵和低溶氧发酵后，收集菌体细胞，破胞后获得酸性脂肪酶。本发明提供的酸性脂肪酶基因LipC编码的酸性脂肪酶的最适反应pH范围为2.5～4，最适反应温度范围为45～60℃，耐热性和耐酸性好，应用范围广。