本发明公开了一种多组水样采集存储装置，包括箱体、采水瓶、采水瓶进水管、橡胶塞、盖板、堵水装置、舵机、进水管、进水底板、控制器；箱体顶端设有进水口；采水瓶为多个，沿圆周均布设于箱体内底部；盖板上对应各采水瓶的位置处分别设有进水槽；各采水瓶进水管两端分别与对应的采水瓶瓶口、进水槽相连通；采水瓶瓶口处设有对应的橡胶塞；橡胶塞上设有进水缝；舵机固定设于盖板中心位置处，且与进水底板的下端面传动相连；控制器设于箱体内，且与舵机相连；进水底板下端面沿周向均匀设置多个堵水装置和一个进水管，进水底板对应进水管位置处设有底板进水口。采用本发明装置能够进行多组水样采集，又能保证水样标本不受其他区域水体掺杂。