本发明涉及一种在线添加反应试剂的检测系统及检测方法。具体地，本发明的检测系统包括：微流控芯片，其中包括微流体流通通道和微液滴生成子模块；在线添加子系统，其中包括驱动力模块、流体进样模块、微液滴标记处理模块和数据处理及控制信号生成模块；以及检测子系统。通过本发明的系统及方法，可以对样本微液滴及试剂微液滴等精确控制，完成诸如融合、萃取、孵育、分裂、信号检测等过程，以实现对样本进行在线添加反应试剂并完成检测的过程，减少生物样品检测时的人工操作。