本发明公开了一种利用单细胞PCR检测细胞遗传稳定性的方法，步骤包括：1)流式细胞进行单细胞分选及裂解；2)对裂解后的样品提取DNA进行预扩增；3)对预扩增产物进行qPCR；4)根据基因拷贝数的变化衡量细胞的遗传稳定性。本发明通过高通量地在单细胞水平检测基因拷贝数，实现了在微观水平上对基因拷贝数，细胞的异质性、遗传稳定性和均一性的快速准确测定，从而为药品研发过程中，细胞株的构建和筛选、医药蛋白的生产和质量控制奠定了坚实的基础。