本发明涉及电能质量装置技术领域，尤其涉及一种农城网台变综合电能质量管理系统及管理方法。该系统包括：多个配变台区参数采集模块，用于采集配电设备运行参数和配变台区环境参数；配变台区参数判断模块，用于分别判断接收的配电设备运行参数、配变台区环境参数是否超出预设参数阈值，若判断结果为超出，则将判断结果发送至配变台区预警信息编辑模块；配变台区预警信息编辑模块，用于根据接收的判断结果编辑配变台区预警信息，分别实时发送至配变台区自动修复模块、配变台区预警信息数据库和终端。本发明实现了对配变台区采用智能一体化管理、配电变压器经济运行，节约人工劳动量和人工成本，具有较好的经济效益。