本发明公开了一种文件管理方法及系统，该系统包括：上位机、FPGA、授时模块和数据存储模块，数据存储模块包括ROM存储单元和FLASH存储单元；ROM存储单元存储单元分为配置区和地址区，FLASH存储单元分为数据区和空闲区，配置区用于存储数据存储模块的配置信息，地址区用于存储用户文件的起始块地址、用户文件占用块数；数据区用于存储用户文件；空闲区用于存储日期信息；授时模块用于向所述FPGA提供日期信息。本发明通过获取文件日期信息，得到文件日期信息列表，在文件日期信息列表中读取用户文件存储的起始块地址，根据该日期信息对应的起始块地址和用户文件占用块数即可确定出所需用户文件的存储位置，从而实现上位机对用户数据的可视化选择性读取。