本发明公开了一种壳聚糖两性离子杀菌剂，其分子结构式如下所示：其中，R1、R2独立的为：甲基、苄基、C12H25或C14H29，且R1、R2中至少有一个为C12H25或C14H29。是通过以下方法制备得到的：取壳聚糖，用醋酸溶液溶解后，加入过氧化尿素，50℃±3℃搅拌反应4～10小时；无水乙醇沉淀，干燥，溶于醋酸溶液中，先烷基化反应生成N‑烷基季铵盐，然后加入氯磺酸和甲酰胺进行磺化，生成O‑磺酸基‑N‑烷基季铵盐，即得。本发明的壳聚糖两性离子杀菌剂，是两性离子化合物，和阴离子聚丙烯酰胺配伍性好，用于含聚污水杀菌时不会与阴离子聚丙烯酰胺发生絮凝现象，浓度≥50mg/L时SRB杀菌率达到99％。