本发明公开了一株芽孢杆菌(Bacillus sp.)PY‑3及其菌剂和应用，本发明的菌株来自胜利油田孤岛采油厂的污水样，通过37℃，厌氧条件下富集培养筛选得到，并通过脱硫性能考察反复筛选传代获得，其命名为Bacillus sp.PY‑3，其保藏编号为CGMCC No.15606。本发明公开了其在油田污水处理中的应用。本发明芽孢杆菌或其菌剂能够有效去除污水中的硫化物，减轻腐蚀，改善污水水质。用于油田聚合物驱油中配制聚合物污水的处理，本发明芽孢杆菌或其菌剂可以有效解决由硫化物导致的粘度降低问题，保障聚合物驱油的开发效果。