本发明公开了基于选择谐波消除脉宽调制的直流母线电压波动补偿方法，其具体涉及的是三相交流电机驱动系统的控制，方法首先根据各种不同分频数时SHEPWM开关角度分布特性，确定同步处理区间；处理区间内的直流母线电压波形进行预测；依据预测波形进行划分区间，并根据区间对应的开关时刻进行定子磁链误差的累积；本发明中提出的方法能够保留SHEPWM的优良谐波特性，同时将直流母线电压波动引起的额外输出电压谐波降至最小、大幅降低由于母线电压波动所引起的低频谐波电流以及输出转矩波动；并且该方法可直接应用于常用的电机控制系统，不需要增加额外硬件。