本发明公开了一种多层级多目标左心室辅助血泵生理控制系统。包括安全监测模块、血流动力学参数控制模块和辅助控制模块且均连接到血泵最终转速变量输出模块。安全监测模块为根据传感器测得的血泵电机电流、血泵运转声音、血泵流量和工作温度判断血泵工作状态是否发生异常；血流动力学参数控制模块为根据传感器测得的主要血流动力学参数调整血泵转速，实现主动脉压控制；辅助控制模块为根据传感器测量得到的心率、运动加速度和呼吸频率调整血泵转速。本发明能在预防血泵出现各种非正常工况的同时，让血泵灌注满足人体多种生理状态的需求。