一种基于中国区域定位系统的双频电离层测量方法及系统，该方法包括将线性调频信号上变频至双频射频信号，通过一天线发出后经卫星转发器转发形成第一回波信号和第二回波信号；第一回波信号和第二回波信号被该天线接收后，经接收通道下变频至固定中频信号，进行信号采集；双频射频信号经过内定标分机馈入接收通道，以采集第一内定标信号和第二内定标信号；根据同步采集的第一回波信号和第一内定标信号获取第一路信号的传播时延，同理获取第二路信号的传播时延；根据第一路信号、第二路信号的传播时延与电离层TEC的关系，求得电离层TEC。本发明建立了双频信号的空间传播时延差与电离层TEC的数学模型，实现了电离层TEC的精确测量。