本发明公开一种基于指纹识别的移动电力数据监控系统及方法，涉及移动数据存储技术领域，系统包括指纹U盘、服务端和设置于电力二次系统计算机中的客户端；所述的指纹U盘设置认证区、保密区和非保密区；所述的服务端：用于对指纹U盘保密区进行认证及对指纹U盘全盘杀毒，并对数据的拷入及拷出进行记录；所述的客户端：当指纹U盘在服务端进行处理后，用于对指纹U盘进行识别及认证，在电力二次系统计算机中进行数据的拷入及拷出；基于指纹生物特征识别，指纹认证管理可实现移动介质授权自动化，实现责任落实到位；可实现后台使用过程进行自动审计；采用哈希码技术，强制U盘必须通过服务端进行认证；采用数据加密技术，可防止数据泄漏风险。