本发明公开了一种电池管理系统的从控制器的配置方法和配置系统，方法包括：S1、上位机向从控制器发送第一命令；S2、从控制器生成随机数作为报文ID；发送第一响应报文至上位机；S3、上位机判断所有的报文ID是否全不相同，若是则执行步骤S4；S4、选择待配置的报文ID；发送第二命令；S5、待配置的从控制器发送第二响应报文至所述上位机，发出触发信号，所述触发信号用于控制下级的所有从控制器依次逐级发出触发信号；S6、上位机统计第二响应报文的数量N；获取位置为N的从控制器的预设ID；S7、待配置的从控制器更新报文ID为预设ID。本发明提供了一种全新的电池管理系统中从控制器的自动配置方式。