本发明公开了一种SDN网络多控制域通信方法及系统，所述系统包括多个控制器集群，每个控制器集群包含簇首控制器和多个控制器组成，所述每个控制器对应着一个由多台交换机组成的控制域，当所述每个控制器集群中的某个控制器的核心控制域与其外围控制域中包含同一台交换机时，所述控制器通过所述交换机与所述控制器在所述外围控制域对应的主控制器进行通信；所述每个控制器集群的簇首控制器，与另一个控制器集群的簇首控制器进行连接，实现与另一控制器集群的通信。实现了面向广域互联的同构SDN网络控制器的互联互通，提高网络性能的目的。