本发明属于海洋药物、酶工程学及天然产物分析技术领域，公开了一种评价海洋天然产物抑制固定化环氧合酶2活性的方法，包括以下步骤：1.对COX‑2酶进行固定化；2.测定固定化COX‑2酶的酶活力；3.建立抑制剂对固定化COX‑2酶抑制活性的评价体系；4.筛选COX‑2的天然产物抑制剂；5.评价天然产物的固定化COX‑2酶抑制效果；6.评价可重复利用性。本技术方案条件温和，简单有效；固定化酶在海洋生物复杂基质中进行实际样品筛选，重复使用5次仍就能保持80％以上的酶活力，且可以通过离心快速方便的进行回收再利用；利用固定化COX‑2酶对海洋天然产物粗提物进行了潜在抑制剂筛选，发现黄海葵和柄海鞘均与COX‑2酶有亲和结合能力，可成为潜在的天然药物来源。