本发明公开了一种高速暂态量保护的采样数据存储方法及系统。现有暂态量保护存在CPU无法快速处理高速采样数据并进行逻辑判别的问题。本发明采用的技术方案包括：暂态量保护装置正常运行时，FPGA控制AD高速采样，并记录各个采样数据的采样时刻；FPGA对高速采样数据按照4kHz进行抽点缓存，同时存储采样数据的时标信息；FPGA判别低速采样缓冲区数据是否启动，如果启动，再根据启动点的时标信息寻址高速采样的数据，查找到数据后，将启动前3ms和启动后2ms对应的高速采样数据发送给保护CPU；保护CPU开辟多个计算缓冲区分别存储FPGA发送的故障数据。本发明解决了现有暂态量保护CPU无法快速处理高速采样数据进行逻辑判别的问题，满足了高速暂态量保护动作时间的速动性要求。