本发明公开了一种湖泊与地下水非稳定流作用模拟方法，详细刻画了湖泊水量平衡过程，有效降低了湖泊的空间离散化对地下水网格系统剖分的依赖性，并采用倾斜式湖底的算法解决湖泊‑地下水作用边界条件的连续性问题，一方面在不降低湖泊空间离散化精度的情况下可减少不必要的地下水含水层垂向剖分层数，从而有效降低了模拟计算的工作量，大幅增强了应用时的便利性，另一方面也有效避免了模拟过程中由于垂向剖分层数较多导致的数值震荡问题，提高了模拟计算的收敛稳定性。与现有的湖泊‑地下水相互作用模拟方法相比，本发明在应用便利性、计算稳定性上具有显著优势，可以广泛应用于湖泊与地下水相互作用的定量解析研究。