本发明公开一种燃料电池发电阵列系统的功率输出控制方法及系统，通过采集每燃料电池系统中各DC/DC电路的输出电压和电感电流信号，稳定低频纹波控制得到开关导通时间和关断时间，继而生成开关控制信号，进行DC/DC变换器的控制；控制系统包括数据采集模块，外环电压控制模块、斜率计算模块、开关控制模块和调制解调模块；首先计算电感电流在开关控制下的斜率变换，得到占空比，由调制解调模块控制开关信号，进行DC/DC变换器的控制，通过稳定低频纹波控制提高了DC/DC变换器的性能，多堆燃料电池通过并联的拓扑结构，均值电流的控制实现燃料电池阵列中各个电堆按照所需的功率输出。