本发明提出了一种沉香有效部位提取物抗焦虑抗抑郁的应用及其制备方法。沉香有效部位提取物应用于制备具有抗焦虑或抗抑郁作用的药品或保健食品。其制备方法包括：取沉香加入到水或醇中浸泡；煎煮，过滤；收集过滤后的药渣加入水或醇提取，过滤、合并滤液；将滤液减压浓缩；将浓缩后的药液加水，加热搅拌使溶解，静置，过滤得滤液；将所得滤液经有机溶剂脱脂处理后，用有机溶剂进行提取；所得提取液经浓缩干燥，即得有效部位；或进过吸附、洗脱、浓缩并干燥，得到有效部位提取物。本发明获得的沉香有效部位提取物具有显著抗焦虑和抗抑郁作用，可用于制备抗焦虑和抗抑郁的有效药物或保健品。