本发明公开了一种脉冲相位组合式海洋搜寻系统及搜寻方法，系统包括安装于待回收海洋探测设备上的信标机和操作于甲板上的回收机，信标机包括安装天线的金属舱，金属舱内设置为信标机供电的电源，主控板以及与主控板电连接并在其控制下工作的LoRa模块和射频电路，回收机包括安装三根天线的防护箱，三根天线呈等边三角形形状排列组成天线阵，防护箱内设置电源，主控板以及与主控板电连接并在其控制下工作的LoRa模块、信号处理电路、测时电路、鉴相电路和电子罗盘。本发明所公开的搜寻系统，信标机采用耐高压水密金属保护舱，摆脱了对进口玻璃球舱的依赖，使信标机的体积更小，重量更轻，回收机采用三根天线组成简单的天线阵，三根天线连接同一主控板，解决了时间同步问题。