本发明提供数控机床的温度补偿方法及系统，其中，温度补偿方法包括：获取数控机床不同位置的多个温度测量值，根据所述多个温度测量值计算温度平均值；获取工件的标签信息、数控系统的种类以及所述温度平均值，根据所述标签信息、所述数控系统的种类以及所述温度平均值确定误差估计值；根据所述误差估计值调整所述数控系统的工作参数。本发明所提供的温度补偿方法可根据对数控机床测量温度值，自动调整对工件加工的工作参数，减少温度对工件形位公差的影响，有效地保证工件制造的精度。