本发明适用于化工技术领域，提供一种手性超微孔二氧化硅及其制备方法，其中，所述方法包括以下步骤：在温度为25~38℃条件下，将手性模板剂和无机硅源溶于去离子水中；在所述手性模板剂和无机硅源混合液边搅拌边缓慢滴加水解剂；将所述已滴加水解剂的混合液移入水热反应釜中；将所述晶化后的溶液进行洗滤、干燥，煅烧，即得。本发明方法填补了手性超微孔材料的合成技术领域的空白，所采用的原料来源丰富，价格低廉，制备方法操作简单，适合大规模工业化生产；且所制备得到的手性超微孔二氧化硅具有高比表面积和狭窄的孔径分布，比表积大于1200 m2/g，孔径约在1.9 nm左右，可广泛应用于手性催化、手性识别和手性拆分等领域。