本发明涉及一种微生物土壤修复剂、其制备方法及应用，包括如下组分：海藻糖、枯草芽孢杆菌、酿酒酵母、绿色木霉、麸皮、禽畜粪便。本发明土壤修复剂中的微生物菌种采用细菌加真菌的配方，可有效互补且适用范围较广，能有效除去土壤中的重金属，同时可以增强土壤肥力。该土壤修复剂添加海藻糖作为保护剂，在一定程度上保护微生物抵御重金属环境造成的伤害，提高菌剂的存活率。该修复剂制备容易，操作简便，去除重金属效率高，绿色环保无污染，有较好的推广应用价值。