本发明提供一种离心注胶系统及其方法，离心注胶系统用以将UV胶体填充至具有注胶口的电子组件，离心注胶系统包括透明储胶单元、治具以及离心装置，透明储胶单元用以于注胶口形成装载UV胶体的透明储胶槽，该治具用以夹持并固定电子组件及透明储胶槽，离心装置包括用以挂载治具的旋转模块、马达及紫外光模块。其中，紫外光模块于预设时间内以紫外光照射透明储胶槽，而后启动马达使旋转模块进行转动以对治具进行离心步骤，通过离心步骤所产生的离心力使透明储胶槽中的UV胶体自注胶口填充至电子组件之中。