本发明属于生物检测技术领域，公开了一种三明治夹心结构SERS检测病原菌的方法。将抗菌肽功能化磁性纳米粒子和细菌进行孵育，在外磁场作用下将吸附了细菌的磁性纳米粒子分离出来，得到磁性纳米粒子‑细菌复合物，然后与对巯基苯硼酸修饰的氧化石墨烯‑银包金纳米复合物SERS探针共孵育，形成抗菌肽功能化磁性纳米粒子‑细菌‑SERS探针所组成的三明治夹心结构，在外磁场的作用下将该三明治夹心结构分离出来，通过SERS对不同细菌进行检测鉴别。