本发明提供了一种水样过滤装置，包括进水部件、储水部件、过滤部件以及抽气部件，所述进水部件包括多组进水单元，所述过滤部件的数量与所述进水单元的数量相等，每组所述进水单元的出水端和对应的一个过滤部件密封连通，所述过滤部件用于对流经其的液体进行过滤，每个所述过滤部件的出水端与所述储水部件密封连通，所述抽气部件用于对所述储水部件抽真空。所述进水部件和过滤部件固定连接，所述过滤部件和储水部件之间可拆卸连接，所述装置还包括进气部件。利用该装置可有效提高过滤的效率和效果。本发明还提供了一种水样过滤的方法。