本发明公开一种田鼠巴贝虫2D97抗原蛋白及其应用，其氨基酸序列如SEQ ID NO：2所示，其编码基因序列如SEQ ID NO：1所示。本发明获得了田鼠巴贝虫的免疫反应谱，发现在特异性IgM抗体反应中，唯一筛选到一个与早期的3dpi和7dpi的鼠血清呈现较高的免疫反应的抗原蛋白2D97，可以作为早期诊断抗原的候选。利用该抗原蛋白2D97的核苷酸序列进行了大肠杆菌原核表达，成功得到了它的重组蛋白，其在特异性IgM抗体的蛋白芯片分析中呈现出与早期的3，7dpi鼠血清有较高的免疫反应，能够用于田鼠巴贝虫感染3～7天的早期和/或窗口期的检测或诊断。